Los territorios de influencia de AESMO se localizan en la región occidental del país, donde se trabaja con un enfoque a nivel de corredor biológico en dos reservas de biósfera. En la Reserva de la Biósfera Transfronteriza Trifinio Fraternidad, la influencia se concentra en la Reserva Biológica Güisayote y las microcuencas Cerro Negro, Río Hondo y El Espinal, pertenecientes a la región Trifinio-Honduras, abarcando los municipios Mercedes, San Marcos, San Francisco del Valle, La Labor y Sinuapa en el departamento de Ocotepeque. Mientras que, en la Reserva del Hombre y la Biósfera Cacique Lempira Señor de las Montañas, se enfatiza en la Reserva Biológica Volcán Pacayita, donde intervienen los municipios de Cololaca, San Manuel y San Sebastián en el departamento de Lempira y los municipios Belen Gualcho y San Marcos en Ocotepeque.
