El manejo de cuencas y áreas protegidas, se realiza bajo el modelo de gobernanza compartida, donde existe participación comunitaria y cooperación de otros actores locales, nacionales e internacionales, gubernamentales y no gubernamentales, implementando las siguientes actividades:
Impulsamos un modelo de gobernanza compartida bajo un enfoque territorial de microcuencas en el corredor biológico entre ambas reservas de biosfera, el cual es gestionado y liderado por AESMO, estructuras organizativas comunitarias, municipalidades y otros actores con presencia en los territorios; además de contar con el apoyo de la cooperación solidaria internacional para la conservacion.
Las organizaciones comunitarias, con el acompañamiento de AESMO, identifican tierras con prioridad para conservacion del agua y biodiversidad en áreas protegidas del corredor biológico, estableciendo procesos de negociación para su compra; luego gestionan aportes financieros a nivel comunitario, municipal, regional e internacional para la adquisición de esas propiedades. Los títulos de propiedad de estas tierras son registrados a nombre de las organizaciones hondureñas aportantes, (juntas administradoras de agua comunitarias, patronatos comunales, municipalidades, AESMO, y otros), donde se establece que el fin único de estas tierras es su conservación a perpetuidad.
AESMO, comunidades y demás actores locales, asumen la responsabilidad de conservar y proteger las tierras compradas bajo un enfoque de conectividad biológica, mediante programas de restauración, protección y conservacion permanente; resultando de estas acciones, impactos positivos en cuanto a mayor disponibilidad del agua para las comunidades rurales y urbanas, además de contribuir a la conservación de la biodiversidad existente en el corredor biológico entre ambas reservas de biosfera.