AESMO fue creada el 28 de abril de 1990 por un grupo de personas interesadas en encontrar alternativas de solución a los problemas ambientales que enfrentaba el municipio de San Marcos Ocotepeque en Honduras.
En el año de 1993, AESMO inicia con la ejecución de proyectos para manejo integrado de cuencas hidrográficas en comunidades del municipio de San Marcos Ocotepeque, en estrecha coordinación con el ya desaparecido Programa de Desarrollo para Refugiados, Desplazados y Repatriados en Centroamérica (PRODERE) de las Naciones Unidas, Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza (CATIE), Municipalidad de San Marcos Ocotepeque, Corporación Hondureña de Desarrollo Forestal (COHDEFOR), Cuerpo de Paz-Honduras, entre otras.
Desde su fundación, esta organización no gubernamental, con
la implementación de sus proyectos para la conservacion, se ha ampliado a otros territorios en la región occidental de Honduras, entre ellas: Reserva Biológica Güisayote, Reserva Biológica Volcán Pacayita y cinco (5) micro cuencas, todas ellas localizadas en dos (2) reservas de biósfera UNESCO: Reserva de la Biósfera Trifinio-La Fraternidad y Reserva del Hombre y de la Biosfera Cacique Lempira Señor de las Montañas.
En reconocimiento a su destacada trayectoria de trabajo en el área ambiental, en el año 2000, la Secretaría de Recursos Naturales y Ambiente (SERNA) y la Cervecería Hondureña, S.A. le otorgó a AESMO el Premio Hondureño a la Conservación y Protección del Ambiente en su categoría institucional. Por su parte, en el año 2009, la Oficina Regional para México, América Central y el Caribe (ORMACC) de la UICN-, le concedió el Premio Centroamericano Antorcha Ambiental.